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Created on Feb 1, 2012

@author: xzhu
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ph2Kcal = 1.364
mev2Kcal = 0.0235
Kcal2kT = 1.688

R_1_3 = {
  'A': 'ALA',
  'C': 'CYS',
  'D': 'ASP',
  'E': 'GLU',
  'F': 'PHE',
  'G': 'GLY',
  'H': 'HIS',
  'I': 'ILE',
  'K': 'LYS',
  'L': 'LEU',
  'M': 'MET',
  'N': 'ASN',
  'P': 'PRO',
  'Q': 'GLN',
  'R': 'ARG',
  'S': 'SER',
  'T': 'THR',
  'V': 'VAL',
  'W': 'TRP',
  'Y': 'TYR',
  'J': 'HYD'
}

R_3_1 = {
  'ALA' : 'A',
  'CYS' : 'C',
  'ASP' : 'D',
  'GLU' : 'E',
  'PHE' : 'F',
  'GLY' : 'G',
  'HIS' : 'H',
  'ILE' : 'I',
  'LYS' : 'K',
  'LEU' : 'L',
  'MET' : 'M',
  'ASN' : 'N',
  'PRO' : 'P',
  'GLN' : 'Q',
  'ARG' : 'R',
  'SER' : 'S',
  'THR' : 'T',
  'VAL' : 'V',
  'TRP' : 'W',
  'TYR' : 'Y',
  'NTR' : 'X',  # NTR and CTR and HOH
  'CTR' : 'Z',
  'HOH' : 'O',
  '_CA' : 'B',
  'RSB' : 'U',
  'HYD' : 'J'
}

POSS_IONI = {'ASP':['-', '0'], 'RSB':['+', '0'], 'ARG':['+', '0'], 'GLU':['-', '0'], 'HOH':['0', '-', '+'], 'HYD':['0', '+']}
ION_HEAD  = {'-':'-', '0':'0', '+':'+', 'D':'m'}
